药物化学系前身为2003年成立的药物化学教研室。药物化学系以创新药物研究为特色，以临床重大疾病治疗未满足需求为目标，以分子设计、药物合成和成药性评价为手段，开展与药物相关的应用基础和开发研究。

药物化学系现有专职教师7人，其中教授1人，副教授1人，讲师5人。泰山青年学者2人，省级优秀青年基金获得者1人，省级青年科技奖获得者1人，市级有突出贡献专家1人。近五年来，药物化学系承担纵、横向科研课题10多项，包括国家重点研发计划、国家自然科学基金、省部级基金、山东省泰山学者和横向药物开发项目等，总到位经费超过一千余万。在Nature Chemistry,J. Med. Chem.,Org. Lett.等重要学术期刊发表SCl论文50余篇。